Đại học Thủy sản Tokyo được thành lập vào tháng 11 năm 1888 như một Viện đào tạo về Thủy sản của Nhật Bản. Nó đã trở thành một trường học quốc gia vào năm 1897 và được đổi tên thành Viện Thủy sản quốc gia . Năm 1949, Viện đã được phát triển thành trường Đại học Thuỷ sản Tokyo thuộc hệ thống giáo dục mới của Nhật Bản.
Các khoa của trường
Khoa Khoa học biển (trường Shinagawa)
– Sở Khoa học biển
– Sở Sinh học biển
– Sở Khoa học Thực phẩm và Công nghệ
– Vụ Kế hoạch biển và Văn hóa
Khoa Công nghệ biển (trong trường Etchujima)
– Hệ thống Kỹ thuật Hàng hải
– Sở Điện tử Hàng hải và Cơ khí
– Cục Hậu cần và Kỹ thuật Thông tin
Các khóa học nâng cao
Khóa học nâng cao của khoa Khoa học và Công nghệ Hàng hải
– Một khóa học một năm cho các sinh viên tốt nghiệp từ Khoa Khoa học biển
Khóa đào tạo biển
– Một khóa học nửa năm cho các sinh viên tốt nghiệp từ Khoa Công nghệ biển
